概要:在很久很久以前,還沒有精靈球的時代,有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐,為了阻止大戰,藉著波導的力量努力讓戰爭平息,人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。
百年之後,小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城,參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典。小智在對戰中贏得了勝利,被封上「波導的勇者」的稱號,並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利。
就在舉行盛大的慶典之時,被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒,並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密!?
另一方面,奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然現身,並且帶走皮卡丘和喵喵。小智為了尋找皮卡丘,在路卡利歐的帶路下,向「世界初始之樹」前進。在神祕的「世界初始之樹」下究竟隱藏著什麼謎團?皮卡丘被夢幻帶到哪裡去了?傳說中的勇者亞朗和路卡利歐「波導傳說」的秘密到底是什麼?