概要：创圣纪0011年地球上的人类由于大异变失去三分之二人口，南极冰层溶化使被认为1万2千年前已被灭亡的有翼种族堕天翅族亚特兰蒂斯苏醒。他们派出生物机械兵器神话兽去捕获人类的生体能源普拉纳，人类决心反击并从海底遗迹发掘岀三台组合战斗机Vector Machine。这是在1万2千年前将堕天翅族灭亡的传说中的兵器，若3架战斗机合体，将变成机械天使Aquarion。要启动Aquarion，需能与机体的机械生命感应和共鸣，称为Element的人，要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女被选为机师集中起来，这个反堕天使的人类组织就是DEAVA。
