故事发生在距前作十年之后的2035年，人类世界归于重建，巨型机甲也拥有更加强大的功能与战斗力，成为全球最强大的防御力量。当进化后的怪兽再度来袭，年轻一代的机甲驾驶员们也将操纵巨型机甲以雷霆之势归来，肩

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。\r另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让

全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——\r拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。\r在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒

西娅是一名十三岁的初中生，即将进入七年级的她转学到了一所新学校。在转学的前一天晚上，一块神秘的石头撞破了她的窗户，之后西娅做了一个很真实的梦。在梦里她已经成年，而在自己面前的是一块纪念碑，这块纪念碑是

由于石头合并成了一块，西娅、雨果、山姆和梅根失去了自己的石头，无法通过梦境预知未来，这使他们无力阻止这场即将发生的谋杀。西娅建议他们应该去调查一下当地的军事基地。但是四人一到军事基地，他们合并的石头就

战兔创造了新世界后，除了战兔和龙我外，所有人都失去了有关假面骑士、天空之壁等的一切记忆。然而某一天，突然从白色的潘多拉金属板中出现了一个未知的外星生命体，他利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力

一项由中国主导的国际科研项目，正在马里亚纳海沟深处进行时，遭遇未知生物攻击，科研人员被困海底。前美国海军陆战队深海潜水专家乔纳斯·泰勒受命前往营救，再度遭遇数年前曾经在深海给自己留下终身难以磨灭记忆的

这是新时代骑士与人工智能的正面交锋。故事背景设定为迎来新时代的日本。引领人工智能潮流的公司——“飞电智能”，研发了一款AI机器人，并将其投入到实际运用中。它们完美融入了职场，把新时代朝着电子化的方向推

来自半人马座比邻星β的外星人哈哈，与数十亿年前比邻星β人从地球带走的恐龙蛋中孵化出的，全宇宙最后一只恐龙哈小龙，来到地球，与以爱科学的小学“女汉子”公孙兰，以及她的爸爸妈妈、少科站的伙伴诸葛聪明、杨燕

在宁静的葡乐镇住着三个百变积木机器人——布布、鲁鲁、可可，他们由神奇的派博士“创造”，拥有着特别的力量，可以变身各种交通工具，帮助人们解决任何难题。